В январе 1959 года X. Мубарак покидает академию, чтобы принять командование эскадрильей самолетов типа Ил-28, а позже бригадой реактивных бомбардировщиков Ту-16. В это время он совершает неоднократные поездки в СССР, связанные с получением новых советских боевых самолетов. С февраля 1964 по апрель 1965 года X. Мубарак проходит учебу на Высших курсах Академии имени Фрунзе. По возвращении из Советского Союза он назначается командующим ряда военно-воздушных баз.Пришел 1967 год, и мирное небо заволокли военные тучи. Грянула вторая арабо-израильская война. Израиль нанес стремительный военный удар по Египту, Сирии и Иордании. Египетским войскам пришлось отступить, оставив противнику весь Синайский полуостров. Израиль-ская армия вышла к восточному берегу Суэцкого канала.

Предотвратить его форсирование позволила лишь решительная позиция Советского Союза. Это было тяжелое время для египетской армии, и особенно ВВС, понесших очень серьезный урон в ходе 6-дневной войны с Израилем. Большая часть авиации была уничтожена на земле в результате внезапного нападения. В ноябре 1967 года X. Мубарак назначается начальником Каирской военно-воздушной академии. Его задачей становится подготовка квалифицированных летчиков для реабилитации престижа египетских ВВС.