В те годы курсанты, встававшие в 5.30 утра, обнаруживали, что их начальник уже начал свой рабочий день. Мубарак считал своим долгом лично участвовать не только в специальной военной, но и физической подготовке. Вставая раньше всех, он был в академии последним, кто засыпал ночью. До предела интенсифицировав процесс обучения, X. Мубарак в рекордно короткий срок — всего за полтора года — подготовил пять выпусков военных летчиков, в которых так нуждался Египет.

Говорят, что посетивший академию Гамаль Абдель Насер был поражен царившей там строгой деловой атмосферой и образцовым порядком. Решив, что таланту и способностям начальника академии нужно найти более важное применение, президент Насер назначает его начальником штаба ВВС. На этом посту, который он принял в июне 1969 года, X. Мубарак пробыл три года. За это время он содействовал восстановлению ВВС и их полному переоснащению.

Смена в стране президентов не помешала военной карьере Мубарака. Видя в нем первоклассного специалиста и отдавая должное его незаурядным качествам, сменивший Насера на посту президента Анвар Садат назначает Мубарака главнокомандующим ВВС. Отныне главным для него становится уже не восстановление египетской военной авиации, а подготовка ее к тому дню, когда она сыграет ключевую роль в возвращении утраченных в ходе войны территорий и поможет египетскому народу возвратить свое достоинство.